批发和零售种子、农药是免征增值税的。所以公司直接销售给个人或者公司的话，给对方开票的税率栏选择免税，就像厂家开的是增值税普通发票上面显示免税。免税项目不能开具增值税专用发票。如果要开增值税专用发票，税率选择9％，公司是小规模纳税人则选择征收率3％。

如何界定假种子和劣种子

假种子包括：以非种子冒充种子或者以此种品种种子冒充他种品种种子的；种子种类、品种、产地与标签标注的内容不符的。劣种子包括：质量低于国家规定的种用标准的；质量低于标签标注指标的；因变质不能作种子使用的；杂草种子的比率超过规定的；带有国家规定检疫对象的有害生物的。

《中华人民共和国企业所得税法》第二十七条企业的下列所得，可以免征、减征企业所得税：（一）从事农、林、牧、渔业项目的所得；（二）从事国家重点扶持的公共基础设施项目投资经营的所得；（三）从事符合条件的环境保护、节能节水项目的所得；（四）符合条件的技术转让所得；（五）本法第三条第三款规定的所得。