1、组织目标、本质不同；合伙制企业是指两个或两个以上投资者合伙而共同组建的企业。它是在业主制企业的基础上发展起来的，它在两个或两个以上业主的个人财产的基础上经营，共同对债务承担无限责任。

股份制有限责任企业是一种入股集资、联合从事生产经营的企业组织形式。股份有限公司和有限责任公司一样都属于有限公司，股东只以出资额为限对公司承担有限责任．

2、承担责任不同；股份制企业一般指有限责任公司与股份有限公司。在有限责任公司与股份有限公司中，股东以出资额为限，对公司债务承担有限责任。合伙制企业中，每一个合伙人都对合伙企业的全部外债承担连带、无限责任。

3、合伙制倾向雇工、独资，股份合作制需劳动合作、民主决策。

4、分配方式不同，股份制主要按资本分配，而合作组织除按劳动分配外，主要按交易量分配。合伙制企业中，合伙人按契约进行分配，契约由合伙人在成立合伙组织前协商订立，可以平均分配利润，也可以不平均分配利润。

股份制企业的利润分配严格按照股权进行，股权越多，分配利润越多。

合伙人制和股份制的联系

股份制和合作制是市场经济中两种广泛存在的企业制度，二者产生的基础都是资本主义生产关系，发展的条件是市场经济。随着市场经济的深入发展，到全球化过程，股份制逐渐成为主流的企业制度。同时，在此过程中，竞争与优胜劣汰逐渐分离出了越来越多的弱势群体，这一群体为解决自身的各种需要而创造出了合作制的企业组织形式。正因为如此，两种制度都起源于欧洲，都源于资本主义首先发展起来的地区；都是为了经济目的而实行的一种经济的合作和联合；都有股金形式；都有规范的章程，并体现着两种制度不同所有者创立企业的初衷；所有者对企业的债务都承担以出资额为限的责任；企业的重大决策都要经过集体讨论；都是自愿加入并可自愿退出。

除了以上相同点之外，合作制还可以转化为股份制。如合作社企业发展到一定规模时，难以贯彻民主管理的合作社原则，并且因此会降低企业效率和灵活性，合作社已经和社会企业具有同等的经济功能和运行机理时，合作制就需要转化为股份制，这正是世界合作社运动中出现的一种趋势。股份制和合作制的经营领域还可以互补，如合作制在农业产业链的初始阶段，股份制在产业链的高端。股份制也可由合作社投资兴办。