结婚登记程序存在瑕疵，视下列不同情形分别处理：1、如果因欠缺结婚实质要件而产生的婚姻登记瑕疵，由于其欠缺结婚的实质要件，可以根据实际情形由人民法院予以宣告无效或者撤销；2、如果仅欠缺结婚登记的形式要件，一般不会影响婚姻登记的效力。

合同里有瑕疵怎么办？

第一，由当事人协议补充。根据合同自由原则，当事人有决定合同内容的自由，对于欠缺的合同其他内容，首先应当考虑当事人共同的争议，由当事人协议补充。

第二，按照合同有关条款或者交易习惯确定。

第三，如果仍然不能确定的，应该按照本法第511条的规定进行补充。

《中华人民共和国民法典》第一千零四十九条要求结婚的男女双方应当亲自到婚姻登记机关申请结婚登记。符合本法规定的，予以登记，发给结婚证。完成结婚登记，即确立婚姻关系。未办理结婚登记的，应当补办登记。