一、检察院发现本院负责侦查部门应立案而不立案怎么处理

1、人民检察院负责捕诉的部门发现本院负责侦查的部门对应当立案侦查的案件不立案侦查或者对不应当立案侦查的案件立案侦查的，应当建议负责侦查的部门立案侦查或者撤销案件。建议不被采纳的，应当报请检察长决定。

2、法律依据：《人民检察院刑事诉讼规则》第五百六十六条

二、刑事案件立案流程

立案程序，是立案阶段各种诉讼活动的程式、次序和形式。立案程序主要包括对立案材料的接受、对材料的审查和审查后的处理。

1、对立案材料的接受：公安机关、人民检察院或者人民法院对于报案、控告、举报，都应当接受。对于不属于自己管辖的，应当移送主管机关处理，并且通知报案人、控告人、举报人;对于不属于自己管辖而又必须采取紧急措施的，应当先采取紧急措施，然后移送主管机关。

2、对立案材料的审查：不论是公安机关、人民检察院或者人民法院接受的控告、举报、报案、自首材料还自己发现的案件材料，都应当进行审查。

3、对立案材料的处理：公检法机关对案件材料审查后，应当依法作出立案或不立案的决定，并根据具体情况作出其他相应的处理。对公安机关不立案决定不服的，控告人还有权向人民检察院提出，请求人民检察院行使立案监督权。

依据《人民检察院刑事诉讼规则》的规定，检察院负责捕诉的部门发现本院负责侦查的部门对应当立案侦查的案件不立案侦查或者对不应当立案侦查的案件立案侦查的，应当建议负责侦查的部门立案侦查或者撤销案件。