约定没付清款协议无效的股权转让协议是无效的。有限责任公司设立登记后，股东可以相互转让股权；股东大会通过后，股东可以将股权转让给股东以外的人。股东转让股权，转让人与受让人签订转让协议后，受让人直接支付转让人支付的公司出资额，无需再次向公司投资。经公司登记机关批准变更登记后，成为公司股东。公司股东之间签订股权转让协议，由转让人向受让人转让其所持有的公司股权。

股权转让协议无效怎么办

股权转让协议无效的处理是：

1、股权已经转让的，要互相返还转让所得；

2、已经办理变更登记的，要申请撤销；

3、有过错的要按过错程度赔偿对方所受到的损失。

根据2021年实施的《民法典》第一百五十五条规定，无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。

第一百五十七条规定，民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。

《中华人民共和国公司法》第七十一条有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。

股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。股东应就其股权转让事项书面通知其他股东征求同意，其他股东自接到书面通知之日起满三十日未答复的，视为同意转让。其他股东半数以上不同意转让的，不同意的股东应当购买该转让的股权；不购买的，视为同意转让。

经股东同意转让的股权，在同等条件下，其他股东有优先购买权。两个以上股东主张行使优先购买权的，协商确定各自的购买比例；协商不成的，按照转让时各自的出资比例行使优先购买权。

公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。