商铺卖100万要缴纳买卖合同差价的5．65％营业税及附加，分为不同的档次计算：小于等于50％，税率为30％；大于50％小于等于100％，税率为40％；大于100％小于等于200％，税率为50％；大于200％，税率60％。

同时在扣除了营业税和土地增值税后，剩余的净利润再按照20％征收所得税，具体税种为：

1、个人所得税：（评估价－原价）＊20％或评估价＊3％。

2、营业税：（评估价－原价）＊5．5％或评估价＊5．5％。

3、土地增值税：（评估价－原价）＊30％至60％或评估价＊30％至60％。

一、商铺买卖流程是怎么样的

1、需要确定转让人的身份，看他是否是店面房屋的产权者，如果超市商铺经营者就是房屋产权者者，首先要查看店面的产权证明、营业执照、卫生许可证等其他相关证件是否齐全，并初步咨询转让价格及房屋的租金情况。

2、若有意接手，双方可洽谈超市商铺租金及店面经营设备、装修等转让项目的具体价格。若谈定则可预付一定数量的定金，以保证优先接手店面的权利，定金收取方出具定金收条，收条要写清时间、金额、定金的用途等具体内容。双方签订《超市商铺转让协议》及《房屋租赁合同》，从而约定双方具体的权利与义务。

3、合同签署完毕，按合同约定方式结付转让费用。转让方有义务协助接手方进行过户变更手续，因此接手方要及时凭签订合同及其他所需证件到工商部门办理好更名登记手续，以确定经营的合法性。

4、如果超市商铺经营者也是承租人，则必须查看其与房屋产权人所签订的原始合同，并检查其是否有转让（转租）权；签订合同时要三方同时在场并签字证明。

二、业主在卖商铺的时候需要注意哪些问题

1、客户的购买能力。首先了解客户是否能够全款购房，如果客户是贷款购房，客户资质是否有问题必须落实，以免签定购房合同之后贷款不能按时到位从而造成买房纠纷。

2、支付订金后的违约责任及违约罚则。支付订金之后的违约情况时有发生，所以支付订金后签定的订金收付合同中必须要明确违约责任和违约罚则。