股权确认纠纷证据有：1、股东名册以公司股东名册的记载来确认股东的资格，得到了世界范围内公司法律的广泛认可。各国法律普遍认为，股东名册具有当然授予股东资格的法律效力。2、公司章程章程是公司作为社团法人最为主要的象征之一，被称为公司的“宪法”。3、出资证明书我国公司法规定，有限公司成立后应当向股东签发出资证明书。出资证明书应当包含股东的姓名或者名称、缴纳的出资额和出资日期等内容。

公司股权确认纠纷如何处理

1、有限责任公司出资人履行出资义务或者股权受让人受让股权之后，公司未向其签发出资证明书或者未将其记载于公司股东名册的，股东可以向人民法院提起诉讼，请求公司履行签发记载义务。

2、股份有限公司公司成立后，履行出资义务的股东，有权请求公司交付股票；公司不予交付的，股东可以向人民法院提起诉讼，请求公司履行交付义务。

通过证券交易市场购买上市股份有限公司股份而成为股东者，其股东身份可以股票交易记录予以证明，其起诉请求公司交付股票的，人民法院不予支持。

公司股权的转让是需要进行股权的变更手续的，包括注销原来的证明书还有签发新的证明书的手续等，股东确认股权发生纠纷如果是没有交付出资的股东可以向法院提起诉讼请求公司履行义务。

《公司法》第七十一条：有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。