工程合同纠纷属于普通民事纠纷，可以通过以下方式处理：

1、协商，合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。

2、调解，合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解，当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。

3、不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。

4、诉讼，如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到法院，寻求司法解决。

建设工程施工合同纠纷

案情简介：

某食品公司与王某签订《新厂建设施工协议》，约定由王某承建某食品公司厂房，约定一口价、工程总造价款、竣工期。同时《施工协议》中约定工程按进度付款，某食品公司自签订合同后，已超工程进度向王某支付工程款及红砖，王某非但没有按约定履行合同，反而违反一口价，要求某食品公司增加工程款，并以停工的方式拒不履行合同，至起诉日王某也未能施工完毕，王某应按实际工程进度收款并返还多收工程款，加之王某已施工工程存在严重质量问题已给某食品厂造成巨大损失，请求一并赔偿损失。王某辨称该协议系与鞭公司六处项目部签订，与其无关系，并且本案司法鉴定不合法，为无效的民事行为，应驳回请求。

律师处理意见及结果：

本律师代理此案后提出该协议名头虽系某公司六处，但尾部并未加盖公司而是以王某的名字，并且王某也未获得授权，工程款也系直接打入王某及王某妻子个人账户，该合同主体应为王某，某食品公司列王某为被告诉讼主体适格。王某未按合同约定时间、进度、质量施工已造成违约，应解除合同，某食品公司超施工进度多付工程款，王某应按实际工程进度予以返还，同时因施工工程质量不合格造成某食品公司多项损失，王某应依法赔偿。同时为证明其代理主张郑云鹏律师依法定程序向法院申请司法鉴定，并提出多项鉴定请求事项，经法院委托，抽签选定鉴定机构后对施工工程予以鉴定并出具司法鉴定意见。经一、二审法院判决，最终法院支持了郑云鹏律师的诉讼观点，即返还多收工程款，赔偿修复费用等各项损失，诉讼费由王某承担。

《民事诉讼法》第一百一十九条

起诉必须符合下列条件：

（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；

（二）有明确的被告；

（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；

（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖。

《人民调解法》第二条

本法所称人民调解，是指人民调解委员会通过说服、疏导等方法，促使当事人在平等协商基础上自愿达成调解协议，解决民间纠纷的活动。