《国家税务总局、铁道部关于铁路货运凭证印花税若干问题的通知》(国税发〔2006〕101号)第二条规定，铁路货运运费结算凭证为印花税应税凭证，包括： 1.货票(发站发送货物时使用)。 2.运费杂费收据(到站收取货物运费时使用)。 3.合资、地方铁路货运运费结算凭证(合资铁路公司、地方铁路单独计算核收本单位管内运费时使用)。;上述凭证中所列运费为印花税的计税依据，包括统一运价运费、特价或加价运费、合资和地方铁路运费、新路均摊费、电力附加费。对分段计费一次核收运费的，以结算凭证所记载的全程运费为计税依据;对分段计费分别核收运费的，以分别核收运费的结算凭证所记载的运费为计税依据。因此，货物运输合同印花税的计税依据为取得的运费金额，不包括装卸费金额。
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合同需要缴纳印花税，有合同就交没有合同就不交，例如同样性质同样金额的两笔业务，一笔业务签了合同，另外一笔没签合同，则前一笔交印花税后一笔不交印花税。其中货物运输合同是按运费发票(铁路、公路、水路运输发票，不包括出租车发票)金额来计算，即使没有合同，有运费发票(包括国际货运发票)也要缴纳印花税，而且按发票全额计算印花税，不扣除进项税部分。但是运费发票中记载的装卸费保险费等可以在计算印花税时扣除，例如一张运费发票中注明运费 500，装卸费 100，保险费 50，则按500计算印花税。
仓储服务合同的印花税按照这类合同的1‰进行计算。印花税的税目，指印花税法明确规定的应当纳税的项目，它具体划定了印花税的征税范围。一般地说，列入税目的就要征税，未列入税目的就不征税。印花税共有13个税目。印花税的税率设计，遵循税负从轻、共同负担的原则。所以，税率比较低;凭证的当事人，即对凭证有直接权利与义务关系的单位和个人均应就其所持凭证依法纳税。印花税的税率有2种形式，即比例税率和定额税率。
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