劳动者在上班期间生病，而且申请病假，但超过法定医疗期的，那么单位会解除劳动合同，而且支付劳动者经济补偿。法律依据：《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》第三条：企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予三个月到二十四个月的医疗期：（一）实际工作年限十年以下的，在本单位工作年限五年以下的为三个月；五年以上的为六个月。（二）实际工作年限十年以上的，在本单位工作年限五年以下的为六个月；五年以上十年以下的九个月；十年以上十五年以下的为十二个月；十五年以上二十年以下的为十八个月；二十年以上的为二十四个月。第四条：医疗期三个月的按六个月内累计病休时间计算；六个月的按十二个月内累计病休时间计算；九个月的按十五个月内累计病休时间计算；十二个月的按十八个月累计病休时间计算；十八个月的按二十四个月内累计病时间计算；二十四个月的按三十个月内累计病休时间计算。第八条：医疗期满尚未痊愈者，被解除劳动合同的经济补偿问题按照有关规定执行。
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用人单位以不能胜任工作与劳动者解除劳动关系，应该支付经济补偿金。标准为工作1年支付1个月工资。如果未提前30天书面通知，还应该多支付1个月工资作为代通知金。用人单位以劳动者无法胜任工资为由与劳动者解除，需要先给劳动者调整岗位或进行培训，调整岗位或培训后仍然无法胜任工作的，才可以提出解除。
用人单位以不能胜任工作与劳动者解除劳动关系，应向劳动者支付经济补偿金。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
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