用人单位扣除劳动者工资，需要具体分析，例如，用人单位代扣工资代缴的个人所得税的，属于用人单位扣除工资的正当理由。 工资薪金税前扣除标准： 国家税务总局规定，税务机关应对工资薪金进行合理性确认，具体可按5项原则掌握： 1、企业制订了较为规范的员工工资薪金制度； 2、企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平； 3、企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的； 4、企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务； 5、有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。
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工资薪金税前扣除标准：工资薪金税前要扣除基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等；还包括专项附加扣除，有子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等支出。
根据新的《个人所得税法》第六条关于应纳税所得额的规定，个人所得税从一个月五千元开始起征，而扣税时是按照公民个人的综合所得来扣除的。个人综合所得是以一个纳税年度来计算，用一年的收入额减去六万元和其他专项扣除所剩的余额。其他专项扣除包括教育专项扣除、租房专项扣除等。
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