在审判实践中，由于该医疗损害赔偿纠纷和医疗服务合同纠纷在法律关系上存在一些竞合，当事人在起诉时又往往未予明确，由此导致法院在确定案由时出现混乱现象，最终致使同类案件适用不同的法律规则，并得出不同的裁判结果。 《指导意见》认为，针对同一医疗纠纷，当事人可以基于侵权提出赔偿，也可以基于合同提出违约之诉，应充分尊重当事人的选择权，并根据当事人的请求权内容判断是合同纠纷还是侵权纠纷。 患者选择按照侵权法提起诉讼的，可以医疗事故损害赔偿为由起诉，也可以医疗过错损害赔偿为由起诉，但应当统一适用“医疗损害赔偿纠纷”这一规范案由。在患者起诉时没有明确是医疗事故损害赔偿请求还是医疗过错损害赔偿请求的，人民法院在审理中应当行使释明权，要求其予以明确。
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发生医疗纠纷后选择案由的方法主要有以下几种：医疗服务合同纠纷和医疗损害责任纠纷。一般根据自己的具体情况，选择诉讼事由。对于发生医疗事故赔偿等民事责任纠纷时，医生患者双方可以协商进行解决。协商不成的或者是不愿协商的，当事人可以向卫生行政部门申请调解。
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