员工不能以怀孕为由，长期不上班，如果超过一定的期限，可以按照公司相关规定按照自动离职处理。根据我国劳动合同法的规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得解除劳动合同。除非劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；（二）严重违反用人单位的规章制度的；（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；（五）以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，致使劳动合同无效的；（六）被依法追究刑事责任的。
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用人单位是能够与怀孕的女员工解除劳动合同的，但是必须要经过怀孕女员工的同意，并且解除之后，需要给怀孕女员工补偿。如果怀孕女员工不同意解除劳动合同，用人单位一般就不可以解除劳动合同。
用人单位不能解除劳动合同，劳动合同应当延续到期哺乳期结束后方可终止合同。 在员工没有过错的情况下，用人单位不能解除劳动合同，这是国家对特殊员工的特殊保护。 只有两种情况下这些员工的劳动合同可以解除，第一个是员工本人提出，或者说跟员工本人协商一致。 第二种情况下，员工本人存在严重违反劳动纪律，或者是违法犯罪的过错情况， 除此之外，不得以任何理由解除这些员工的劳动合同，这是受法律特殊保护的。 怀孕员工处于一种特殊期，国家对于这样的情况给予了特殊的保护。 但是这种特殊保护并不是绝对的，在怀孕员工有重大违纪或者违法犯罪的情况下，用人单位仍然可以解除与之的劳动关系。
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