员工不能以怀孕为由，长期不上班，如果超过一定的期限，可以按照公司相关规定按照自动离职处理。根据我国劳动合同法的规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得解除劳动合同。除非劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；（二）严重违反用人单位的规章制度的；（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；（五）以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，致使劳动合同无效的；（六）被依法追究刑事责任的。
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怀孕期间孕妇可以在履行提前告知义务后解除劳动合同，如果是用人单位想要解除劳动合同的，具体按照以下情形处理： 1、如果双方协商一致解除合同，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。 六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。 这里所称的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，按应发工资计算。 2、如果单位没有正当合法理由单方辞退，需要按上面标准支付双倍的赔偿金。 3、孕妇有以下情形之一被解除劳动合同的，用人单位不需要支付经济补偿金或者经济赔偿： (一)在试用期间被证明不符合录用条件的； (二)严重违反用人单位的规章制度的； (三)严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的； (四)劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的； (五)因本法第二十六条第一款第一项规定的情形致使劳动合同无效的； (六)被依法追究刑事责任的。
不可以。公司不能解除或终止与该女职工的劳动合同，劳动合同应当顺延至哺乳期满。当然，如果该怀孕的女员工同意解除，则公司可与该员工协商支付解除劳动合同经济补偿金。
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