如果是因为劳动者的离职给公司造成了一定的损失，公司是可以从劳动者的工资中扣除一定的金额作为赔偿的，但是公司在员工自动离职不发放工资是不合法的。 给用人单位工作，有两个途径可以要求支付工资： 1、劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉；优点：方式简单。缺点：各地执法力度可能不是很大； 2、可以到当地劳动局（人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会）申请仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。优点：除了工资外，还可以主张经济补偿、双倍工资等，并且一般都可以最终解决；缺点：申请劳动仲裁就是打劳动官司，程序稍多，需要专业人士指导。
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员工辞职应当办理的手续有： 1、为从事有职业病危害作业的员工做健康检查。 2、办理工作交接。 3、归还公司财物、文件资料及清偿债务。 4、退还员工证件及结清工资。 5、如是公司提出解除劳动合同的，按照劳动合同法的规定向员工支付经济补偿金。 6、签订竞业禁止协议。对于公司认为需要签订竞业禁止协议的则在解除劳动合同协议中明确员工的相应义务。 7、出具解除或者终止劳动合同的证明。 8、办理档案和社会保险关系转移手续。
如果擅自离职，没有办完合法手续，出现相关劳动方面问题，劳动者需承担一部分责任，员工要离职法律程序，是维护自身权益的最好方式。员工交了辞职申请，但没办理离职手续，可以作自动离职处理。自动离职是指员工擅自离职而强行与用人单位解除劳动关系的一种行为。员工可能要承担赔偿责任。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的百分之二十。遇到员工擅自离职的，用人单位应当以书面形式送达通知书，限定员工在指定的时间内回公司上班，并提出如限期内不上班的处理措施。当员工擅自离职达到可以辞退的标准的时侯，用人单位应当将解除劳动关系的事宜公开，并以书面形式送达离职通知书给员工，通知其前来办理交接工作以及离职手续。至于通知书的送达，用人单位应采取挂号信或邮件形式，将通知书送达至员工信息登记的住址以及身份证地址或者经济联系人地址，并保存好回执。送达日期以签收日期为标准。若员工不签收，或邮寄信被退回，用人单位应当完好保留邮寄信，如有争议发生，至开庭时方才当仲裁员的面打开邮寄信，以证明用人单位履行了通知义务和用人单位解除劳动合同的意愿。必要时，用人单位可以在报纸上登声明，自通告之日起满三十天视为送达。另外，如果员工违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制的，造成用人单位损失的，用人单位可以申请仲裁，要求员工赔偿损失。如果用人单位为员工支付了培训费用，而员工未到期离开的，用人单位可以要求劳动者赔偿培训费。如果员工未与公司办理离职手续就到其它公司上班，造成原公司损失的，有实际数字证据，公司可以要求员工赔偿损失。
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