单位没有权利扣除员工工资，在解除劳动关系时需要一次性结清员工工资，否则员工可以向劳动监察大队投诉或者申请劳动仲裁进行维权。依据《工资支付暂行条例》第九条劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。第十八条各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。第十九条劳动者与用人单位因工资支付发生劳动争议的，当事人可依法向劳动争议仲裁机关申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
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公司有权利扣员工工资，如果是给用人单位工作，有两个途径可以要求支付工资： 1、劳动者可以到当地人力资源和社会保障局劳动监察投诉；优点：方式简单。缺点：各地执法力度可能不是很大； 2、可以到当地人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求支付工资。
如果因员工的原因给公司造成经济损失，公司可按照劳动合同的约定扣除工资，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。有下列情况之一的，用人单位可以代扣劳动者工资：用人单位代扣代缴员工的个税；用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；其他。
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