公司不正当扣绩效工资(实际上是全公司变向降薪)的，可以向当地劳动局的劳动监察部门进行投诉，或向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。《劳动合同法》第八十条用人单位直接涉及劳动者切身利益的规章制度违反法律、法规规定的，由劳动行政部门责令改正，给予警告；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。第八十五条用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金： (一)未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的； (二)低于当地最低工资标准支付劳动者工资的； (三)安排加班不支付加班费的； (四)解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁；对仲裁裁决不服的，除本法另有规定的外，可以向人民法院提起诉讼。
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单位扣员工绩效工资可以仲裁。单位扣员工绩效工资处理方式如下： 1、劳动者首先应该与所在公司协商处理； 2、如果是协商不成的话，劳动者可以到当地的劳动监察大队投诉，要求协助处理解决； 3、如果当地的劳动监察局投诉无果、仍未解决的，劳动者可以当地劳动局递交申请，请求劳动仲裁机构来出面处理解决，要求公司支付工资。
看公司的制度管理。对于病假工资，用人单位可以在合同中与职工进行约定，只要不低于当地最低工资的80%就可以。职工全年月平均工作天数和工作时间分别调整为0.9天和67.4小时，可以照此折算出员工日平均工资。病假扣绩效是属于合法的，首先员工的绩效是根据员工工作情况而给予员工的奖励性待遇，在达标的情况下可以全额领取，员工请假没有工作，那么就没有绩效工资。
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