专利和版权分属不同的知识产权，但保护的侧重点有所不同，版权保护的是软件的源代码序列及运行过程中的文档。专利保护的是软件的运作方法。版权要求具有独创性就能够享有，而专利要求具有新颖性和创造性。如果你们的软件的运行过程已经完全公开，那么依该软件申请的专利很可能就没有新颖性而不予授权。因此你们可以在专利审查过程中提出审查建议，但审查建议不是法定程序，不一定被审查员所采纳。另外还可以等授权后对其宣告无效。 不过如果申请专利的公司与你公司没有关系，目前也不能起诉，只能提建议或者提出无效宣告。
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申请专利的权利和专利申请权的区别如下： 1、申请专利的权利是指适用于是个人申请专利还是单位申请专利，着重点在于申请人主体地位的确定； 2、专利申请权是指申请专利后，对答辩、修改的权利，或者转让专利申请权的权利，主要是向专利局提出专利申请的权利，着重于主体地位确定后权利的行使。
1、专利权人与专利申请权人具有一致性：专利申请权是产生专利权的基础，专利申请权人提出的专利申请获得批准后，该专利申请权人就成为专利权人。 2、专利权人与专利申请权人是有严格区分的：①专利申请权是一种独立的财产权，是一种具有相对性的请求权，特定主体就某项发明创造享有的专利申请权，并不能排斥他人就同样主题的发明创造提出专利申请，换言之，对同一主题的发明创造，有资格提出专利申请的主体可能是多方，但获得批准从而成为专利权人的则可能是其中的一方。②继受专利权人常常并不是专利申请人。
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