专利和版权分属不同的知识产权，但保护的侧重点有所不同，版权保护的是软件的源代码序列及运行过程中的文档。专利保护的是软件的运作方法。版权要求具有独创性就能够享有，而专利要求具有新颖性和创造性。如果你们的软件的运行过程已经完全公开，那么依该软件申请的专利很可能就没有新颖性而不予授权。因此你们可以在专利审查过程中提出审查建议，但审查建议不是法定程序，不一定被审查员所采纳。另外还可以等授权后对其宣告无效。 不过如果申请专利的公司与你公司没有关系，目前也不能起诉，只能提建议或者提出无效宣告。
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申请专利的权利和专利申请权的区别如下： 1、申请专利的权利是指适用于是个人申请专利还是单位申请专利，着重点在于申请人主体地位的确定； 2、专利申请权是指申请专利后，对答辩、修改的权利，或者转让专利申请权的权利，主要是向专利局提出专利申请的权利，着重于主体地位确定后权利的行使。
专利权的客体，实际上是指专利保护的对象。我国专利保护的对象包括：发明、实用新型、外观设三种专利。 1、发明是对产品的形状、方法或者其改进所提出的新的技术方案； 2、实用新型是对产品的形状、构造或者其结合所提出的适于实用的新的技术方案，俗“小发明”； 3、外观设计是对产品的形状、图案、色彩或者其结合所提出的富有美感并适于工业上应用的新设计。
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