员工不能以怀孕为由，长期不上班，如果超过一定的期限，可以按照公司相关规定按照自动离职处理。根据我国劳动合同法的规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得解除劳动合同。除非劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；（二）严重违反用人单位的规章制度的；（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；（五）以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，致使劳动合同无效的；（六）被依法追究刑事责任的。
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员工怀孕期间不能辞退。女职工要求继续履行劳动合同的，用人单位解除劳动合同的决定应当撤销，劳动合同期限届满的，应撤销决定，认定双方终止劳动合同，并责令支付劳动合同终止之日的工资；不要求的可视为用人单位提出，双方同意的，时间应确定为女职工三期期满之日，女职工三期期满之日劳动合同期限未届满或双方只有事实劳动关系的，用人单位应支付至三期期满之日，并支付解除劳动合同的经济补偿。
怀孕了公司不可以辞退。《妇女权益保障法》第七十二条任何单位不得因结婚、懈、产假、哺乳等情形，降低女职工的工资，辞退女职工，单方解除劳动(聘用)合 同或者服务协议。但是，女职工要求终止劳动(聘用)合同或者服务协议的除外。
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