如果是因为劳动者的离职给公司造成了一定的损失，公司是可以从劳动者的工资中扣除一定的金额作为赔偿的，但是公司在员工自动离职不发放工资是不合法的。 给用人单位工作，有两个途径可以要求支付工资： 1、劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉；优点：方式简单。缺点：各地执法力度可能不是很大； 2、可以到当地劳动局（人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会）申请仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。优点：除了工资外，还可以主张经济补偿、双倍工资等，并且一般都可以最终解决；缺点：申请劳动仲裁就是打劳动官司，程序稍多，需要专业人士指导。
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自动离职，是职工根据企业和自身情况擅自离职，而强行解除与企业的劳动关系的一种行为。职工自动离职给企业造成损失的，企业可以要求职工赔偿。 劳动者违反《劳动合同法》规定解除劳动合同，或者违反劳动合同中约定的保密义务或者竞业限制，给用人单位造成损失的，应当承担赔偿责任。
自动离职不给工资的处理方法如下：劳动者可以去，劳动行政部门去举报或者申请仲裁，劳动行政部门，会责令限期支付劳动报酬；逾期不支付的，责令用人单位，按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准，向劳动者加付赔偿金。
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