如果是因为劳动者的离职给公司造成了一定的损失，公司是可以从劳动者的工资中扣除一定的金额作为赔偿的，但是公司在员工自动离职不发放工资是不合法的。 给用人单位工作，有两个途径可以要求支付工资： 1、劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉；优点：方式简单。缺点：各地执法力度可能不是很大； 2、可以到当地劳动局（人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会）申请仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。优点：除了工资外，还可以主张经济补偿、双倍工资等，并且一般都可以最终解决；缺点：申请劳动仲裁就是打劳动官司，程序稍多，需要专业人士指导。
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员工自动离职，企业应该做的是： 1、首先企业应给员工发送《限期返岗通知书》，限定日期返回工作岗位； 2、若员工未按要求返岗，开始计算员工旷工天数，达到可以解除劳动合同的天数（天数视自己企业的规章制度规定确定，一般连续旷工3天以上）后给员工发送《解除劳动合同通知书》，可以先选择人为送达的方式送到家里，如果没有人，再用EMS送，如果员工签收了，那么程序结束，如果没有签收还要走60天报纸公告程序。以上各种方式要留存未送达的凭据。
如果员工自动离职，也有工资拿。只要员工工作了，不管是工作几天，都会有工资的。一般在解除或者终止劳动合同时，用人单位支付相应的工资。如果单位不支付的，员工可以进行仲裁。
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