按规定是公司不能全扣员工工资，要是员工工资被全扣了，那么公司也就是违规的。公司不仅不能把员工工资全扣了，每月扣减的工资的也不得超过员工当月工资的20%，并且扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。要是扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，就按最低工资标准支付。若公司违规克扣工资，可按照劳动争议解决办法处理，具体有如下：1、与用人单位就劳动纠纷问题直接进行协商。2、可自愿选择调解，主要是去找劳动纠纷调解委员会申请调解，当然还可以去法院申请调解等。注意的是，调解协议不具有强制执行力，如果一方反悔，同样还是可以向仲裁机构申请仲裁。3、去申请仲裁，将纠纷提交劳动争议仲裁委员会进行处理。4、要是你在经过劳动仲裁都不能解决你工资被扣的问题，那么现在最好就要收集相关证据积极去法院起诉。必须得先经过劳动仲裁，对仲裁裁决不服的人才能接着去法院起诉。
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公司克扣员工工资的处理方式如下：员工可以和用人单位协商，要求其足额支付工资；或者请工会或者第三方共同与用人单位协商，协商不成的，则可以向国家劳动部门投诉，或者申请劳动仲裁。
《劳动法》明确规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”当事人就已经发生的劳动纠纷向可以劳动纠纷调解委员会申请调解的程序。 调解程序也由当事人自愿选择，调解协议不具有强制执行力，如果一方反悔，可以向仲裁机构申请仲裁。
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