土地纠纷的实质是土地权属纠纷，即是指对土地所有权和使用权的争议。它包括农地、山地、草原、水域等因所有权、使用权受到侵害而引起的争执。权属纠纷发生的原因很多，主要是由于地界不清、土地权属紊乱、政策和体制的变更，以及其他历史遗留问题等。 (一)土改、合作化时留下来的土地权属未定，地界无明显的标志或土地证上规定得不够明确。 (二)公社化时期体制调整，新划地界不清或调整不合理，协议书订得不明确。 (三)因过去无偿占有或平调而变动的土地。 (四)因历年集体搞水利建设、平整土地造成地界变更，土地原有状况或新队之间归并，原有田界铲除，无原始记载，现在恢复乡村原建制无历史依据可查考的土地。 (五)因行政区划变更，原社队之间、社队与国有土地之间因插花地互越地界以致地界不清的土地。 (六)因移民开荒，侵占他队的荒山、荒坡、荒地和原权属不清的公共土地。 (七)因其他各种历史原因遗留下来的土地瓜葛问题。 (八)因土地的征用、承包等引起的所有权和使用权的变更而产生的权属争议等。 (九)乡镇集体企业建设用地，由于过去没有具体规定，需要重新给予核定。 (十)乡村公共事业或公益事业占有的土地，过去没有给过补偿，群众后来提出要补偿等问题。 (十一)1950年无偿划拨的荒山、荒坡、荒地等，当时未计算面积，并无规定地界，几经变迁，从而引起地权、地界的争议。 (十二)有的单位征用土地的证据遗失，无据可查，从而引起的土地争议。 (十三)农民使用的宅基地，因地界不清，从而引起的土地争议及城镇个人因地界不清引起的土地权属争议。 (十四)企业与企业之间因土地权属不清引起的土地属争议。
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土地承包权流转纠纷的原因是: 1.因流转内容不合法引发的纠纷，土地承包经营权流转的前提是不能改变土地的农业用途。 2.村委会随意调整土地产生的纠纷，部分农村地区，村委会随意调整土地现象比较严重。 3.村委会对土地承包合同疏于管理引起的纠纷，村委会将属于本村的流动地对外发包给村集体以外的个人或组织。 4.农地非农化过程中政府与农户间的纠纷。
土地权属纠纷指的是因土地的所有权和使用权的归属而引起的纠纷。土地所有人及使用国有土地和集体土地的单位和个人，均可以成为权属争议的当事人，涉及争议双方的利益，情况复杂，政策性强。
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