《劳动合同法》立法过程中，有学者建议将《劳动合同法》的适用范围扩大到事业单位及其劳动者，围绕这一问题各方意见较为对立。从劳动合同原理讲，聘用合同是劳动合同的一种，聘用合同制与劳动合同制没有本质区别。但是，由于劳动和社会保障部、人事部职责不同，决定了劳动合同制与聘用合同制在人员的录取和管理等方面有着明显区别。从事业单位现在尚在实行的制度来讲，即便是正在实行聘用制的事业单位，仍然要按照国家编制机构下达的编制限额聘用人员，比照公务员制度进行人事管理，提出辞职应经批准后方准辞职等。对于实行劳动合同的用人单位，招用劳动者是自主决定的，管理是按照《劳动法》和《劳动合同法》进行的，劳动者和用人单位都可依法提出解除劳动合同，而不必经过对方批准。在争议处理问题上，事业单位发生的是人事争议，先由人事争议仲裁委员会和人民法院处理;劳动合同关系发生的是劳动争议，由劳动争议调解委员会、仲裁委员会和人民法院处理。但现在两种争议的处理有融合之势。
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1、合同制适用的主体为公司、企业。聘用合同适用的范围主要为事业单位。 2、合同制签订的工作期限是短期的。聘任制合同会受到政府的干预，期限相对来说是较长且稳定的。
事业单位内部劳动合同制和编制区别如下： 1、工资开支来源不同：正式编制人员工资由财政拨款解决，合同制人员工资由单位预算外收入中解决。 2、福利待遇：正式编制人员的福利待遇按政策规定及上级部门规定执行，合同制人员参照正式编人员标准执行。 3、正式编人员可以在事业单位之间调动，合同制人员不能。 4、正式编制人员可以提任副科级职务，合同制人员不可以。
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