员工申请工伤认定，如果单位没有证据证明不是工伤，那么就应该认定为工伤，但是员工必须提供工伤认定申请书，劳动关系证明以及首次诊断记录。依据《工伤保险条例》第十八条提出工伤认定申请应当提交下列材料：（一）工伤认定申请表；（二）与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）的证明材料；（三）医疗诊断证明或者职业病诊断证明书（或者职业病诊断鉴定书）。工伤认定申请表应当包括事故发生的时间、地点、原因以及职工伤害程度等基本情况。工伤认定申请人提供材料不完整的，社会保险行政部门应当一次性书面告知工伤认定申请人需要补正的全部材料。申请人按照书面告知要求补正材料后，社会保险行政部门应当受理。第十九条社会保险行政部门受理工伤认定申请后，根据审核需要可以对事故伤害进行调查核实，用人单位、职工、工会组织、医疗机构以及有关部门应当予以协助。职业病诊断和诊断争议的鉴定，依照职业病防治法的有关规定执行。对依法取得职业病诊断证明书或者职业病诊断鉴定书的，社会保险行政部门不再进行调查核实。职工或者其近亲属认为是工伤，用人单位不认为是工伤的，由用人单位承担举证责任。
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如果职工与用人单位发生工伤待遇方面的争议，职工可以先与用人单位进行协商；协商无法解决的，可以向当地劳动保障监察机构投诉举报；举报后仍存在争议，可以向当地的劳动争议仲裁委员会提出书面申请进行仲裁；对仲裁裁决不服可以向人民法院提起诉讼。
根据我国法律规定，存在工伤待遇争议的，按照劳动争议进行处理，职工与用人单位可以协商的，协商不一致的，可以申请劳动争议仲裁或者是向人民法院进行起诉。
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