由于公司发放的工资低于当地最低保障工资，当事人可以申请解除劳动合同和劳动关系，并要求经济补偿。当事人可以向当地劳动监察行政部门进行举报，由劳动监察大队责令用人单位支付工资，劳动监察大队协调不成的，劳动者可以申请劳动仲裁。《劳动合同法》第八十五条：用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：（一）未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；（二）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的；（三）安排加班不支付加班费的；（四）解除或者终止劳动合同，未依照本法规定向劳动者支付经济补偿的。
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劳动合同中的基本工资低于当地最低工资标准是可以的。如果合同期间的实际工资低于当地最低工资标准的，用人单位就违反了《劳动合同法》。用人单位与劳动者约定的劳动报酬标准不得低于当地人民政府规定的最低工资标准。而所谓的劳动报酬是指除加班工资以外的实发工资总额。因而要看公司的工资结构，如果工资结构只有基本工资一项，那么基本工资应当等于或者大于最低工资标准;如果工资结构包括基本工资/提成/补贴等，则要看实发工资总额是否低于最低收入而不是对单纯的看基本工资。
公司扣工资不可以低于最低工资标准。劳动者故意或者重大过失造成用人单位损失的，用人单位可以按照劳动合同应当扣除劳动者工资以抵消损失。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
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