根据你提供的信息解析如下： 1、股东要出让股份，或者解散公司或者将公司变更为归甲方，都应当签订协议，而且还必须在相应的工商登记部门变更登记，将股东以及法定代表人等进行变更，这样才能在法律上的效力，不然将来还是存在甲乙股东的情形； 2、对于乙方的行为：私下做单，收入不计入公司，关闭公司网站，属于侵犯公司利益，应当将该全部利益交还公司，而且还应当受到相应的处理；乙方另行开设办事处注册公司，如果所经营的业务与你们共同经营的公司一致，那么也属于侵犯公司利益，如果你们在公司章程中禁止这样的行为，那么对方也属于开设关联公司，这样也应当向你们所开设的公司进行赔偿； 3、如果甲方将这些证据都掌握的话，而且证据确实充分，那么可以向法院起诉要求乙方返还公司利益，并且对造成的损失进行赔偿。但是，甲方必须将所有证据都掌握，现在俗话说打官司，就是打证据，如果证据合适，甲方追究乙方承担责任的几率就大，如果证据不合适，那么甲方败诉的几率就大，因此，建议你在当地找律师将你所在公司的情况说清楚，并将各方面的证据等都说明，让律师为你详细分析，而且为你提出应当掌握那些对你有利的证据，证据怎样获得等等，这样对甲方才有利。
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公司股东与法人是不可能产生矛盾的，因为股东是人法人是是社会组织在法律上的人格化，二者不可能产生矛盾。 当公司股东与公司法人代表产生矛盾时，需按公司章程的约定或《公司法》的规定来进行自我规范。股东和法人代表都需接受公司章程和《公司法》的约束。
公司法明确规定股东是不能随意撤资的，因为股东一旦对公司履行完出资义务，就成了公司的注册资本，公司的注册资本是不能随意抽回的，如果股东抽逃出资的话会构成抽逃出资罪的。根据公司法的规定，股东撤回出资只有两种，一种是股权转让，一种是公司收购股权，如果股东要撤回出资，可以将股权转让他人。
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