国土资源部或者省、自治区、直辖市人民政府国土资源主管部门应当组织专家对公安、工商行政管理、海关等部门查获的有理由怀疑属于古生物化石的物品进行鉴定，出具是否属于古生物化石的证明文件。公安、工商行政管理、海关等部门依法没收的古生物化石由同级国土资源主管部门负责接收。有关国土资源主管部门应当出具接收凭证，并将接收的古生物化石交符合条件的收藏单位收藏。
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罪与非罪的区分：(1)是否经过国家行政主管部门的批准乃是本罪时判断是否“盗掘”的标准。如果未经国家行政主管部门的批准，私自掘取古人类化石、古脊椎动物化石的，则可能构成本罪。如果经过了国家行政主管部门的批准，即使在掘取过程中不慎造成了古人类化石、古脊椎动物化石损坏的，一般不以犯罪论。如果故意使古人类化石、古脊椎动物化石造成严重毁损甚至丧失科研价值的，可以按照故意损坏公私财务罪追究行为人的刑事责任。(2)行为人虽然实施了私自挖掘古人类化石、古脊椎动物化石的行为，但按照刑法第13条规定，属于“情节显著轻微，损害不大的”，不以犯罪论。根据现行刑法第328条第2款之规定，行为人只要盗掘有科学价值的古人类化石、古脊椎动物化石，不论盗掘的规模大小、盗掘得到的古人类化石、古脊椎动物化石多少，均足以构成本罪。但这只是一种理论上的推定。正如国家立法机关对抢劫罪的成立不要求行为人抢劫到足够数额钱财才构成犯罪，而司法机关在司法实践中还是把轻微的抢劫行为不作为犯罪来处理一样，对于“情节显著轻微，危害不大的”盗掘古人类化石、古脊椎动物化石的行为，也不宜作为犯罪来处理。比如说，行为人刚开始实施盗掘古人类化石、古脊椎动物化石的行为，即被人发觉而终止犯罪行为，且没有造成古人类化石、古脊椎动物化石破坏的，可不作为犯罪处理。
认定标准： (1)是否经过国家行政主管部门的批准乃是本罪时判断是否“盗掘”的标准。 (2)行为人虽然实施了私自挖掘古人类化石、古脊椎动物化石的行为，但按照刑法第13条规定，属于“情节显著轻微，损害不大的”，不以犯罪论。
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