聘用合同是广义上劳动合同的一种特殊形式，具有劳动合同的基本特征，其基本制度与劳动合同相一致。但是，由于事业单位的特点以及国家对事业单位的管理在一些方面仍有别于企业，所以又与狭义劳动合同（企业劳动合同）有一定的区别，主要有以下方面： 1、适用范围不同。狭义劳动合同适用的主体为企业，聘用合同适用的范围主要为事业单位。聘用合同是事业单位人事制度改革的产物，聘用合同制度的内容反映了事业单位的用人制度通过订立劳动合同以实现其物质产品的生产。事业单位则是从事非生产经营活动的组织，通过订立聘用合同实现的劳动成果主要表现为精神产品和知识产品。企业的生产活动以营利为目的，事业单位从事的服务活动属于社会公益事业，在实现其经济效益的同时，必须把社会效益放在首位。 2、政府干预的程度不同。市场主体，这一点与企业已在改革中成为独立的市场主体也有所区别。国家在一些重要方面对事业单位仍实行宏观管理，主要表现在以下方面：（1）编制管理。由国家核拨经费的事业单位仍实行严格的编制管理；（2）经费管理。建国后，事业单位一直承袭行政机关的管理方式，经费全部由国家核拨。80年代后，事业单位相继进行财政、人事等领域的改革后，形成全额、差额拨款、自收自支几种类型的事业单位。90年代后期，国家对事业单位的拨款改为定额补助的形式。但事实上，事业单位的经费仍有国家全额补助、差额补助等形式。如教育系统的中小学，基本是由国家全额拨款的。这些单位尽管对新录用人员通过聘用合同的形式，但其招生计划、教学计划及教师的工资福利等都是按照国家有关规定进行的。（3）工资制度。事业单位向聘用人员支付的工资报酬，主要是按照国家规定的标准支付。按照国家有关规定，事业单位的专业技术人员分别实行不同类型的工资制度，如专业技术人员职务等级工资制、专业技术人员职务岗位工资制、事业单位的专业技术人员分别实行不同类型的工资制度，如专业技术人员职务等级工资制、专业技术人员职务岗位工资制、艺术结构工资制、体育津贴奖金等、以及人员等级工资制。在改革中，许多事业单位加大了岗位工资的比例，但其工资的刚性程度远大于企业，这也是由事业单位的公益性和改革的渐进性决定的。因此，事业单位与聘用人员订立聘用合同的内容不仅反映该事业单位的意志，也应当体现国家宏观管理的内容。
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聘用协议和劳动合同的区别是用工招聘方式不同、适用范围不同。聘用协议适用的主要是事业单位的招聘，并且可以通过严格的考试程序招聘人员；而劳动合同通过劳动者与用人单位协商、面谈等方式招聘，程序不那么严格。
聘用协议与劳动合同的适用范围不同，政府干预的程度不同，管理监督部门也是不相同的。劳动合同适用的主体为企业，聘用合同适用的范围主要为事业单位。事业单位向聘用人员支付的工资报酬，主要是按照国家规定的标准支付。劳动合同的工资主要由企业自主决定。
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