实行综合计算工时需要经过审批的。如果已经审批通过，那么是合法的。劳动部关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法第五条企业对符合下列条件之一的职工，可实行综合计算工时工作制，即分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。（一）交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工；（二）地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工；（三）其他适合实行综合计算工时工作制的职工。第六条对于实行不定时工作制和综合计算工时工作制等其他工作和休息办法的职工，企业应根据《中华人民共和国劳动法》第一章、第四章有关规定，在保障职工身体健康并充分听取职工意见的基础上，采用集中工作、集中休息、轮休调休、弹性工作时间等适当方式，确保职工的休息休假权利和生产、工作任务的完成。
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综合工时制是有加班费的，平时按1.5倍支付，在法定假日给劳动者安排工作的要给3倍加班费。在综合计算周期内，超过总法定标准工作时间的部分应视为延长工作时间并按劳动法的规定支付报酬，其中法定休假日安排劳动者工作的，按劳动法的规定支付报酬。而且，延长工作时间的小时数平均每月不得超过36小时。
用人单位实行综合计算工时工作制，应分别以周、月、季、年为周期综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间相同，即平均每日工作不超过8小时，平均每周工作不超过40小时。对于从事第三级以上(含第三级)体力劳动强度工作的职工，每日连续工作时间不得超过11小时，每周至少休息1天。
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