专利和版权分属不同的知识产权，但保护的侧重点有所不同，版权保护的是软件的源代码序列及运行过程中的文档。专利保护的是软件的运作方法。版权要求具有独创性就能够享有，而专利要求具有新颖性和创造性。如果你们的软件的运行过程已经完全公开，那么依该软件申请的专利很可能就没有新颖性而不予授权。因此你们可以在专利审查过程中提出审查建议，但审查建议不是法定程序，不一定被审查员所采纳。另外还可以等授权后对其宣告无效。 不过如果申请专利的公司与你公司没有关系，目前也不能起诉，只能提建议或者提出无效宣告。
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书面技术资料 1、申请项目所属技术领域及应用的范围，以及现有技术中实现与申请项目相同或相似效果的技术措施、技术手段，方法或方式; 2、所申请项目的发明目的，需要解决哪些技术问题。 3、用文字以及附图详细描述实现所申请项目发明目的的技术措施、技术特征。如：所申请项目的是一种产品，技术措施及技术特征是指：产品的结构、各零件的连接、布局、相互关系及它们在所申请项目中所起的作用，各零部件间的组合方式和详细的动态方式，所申请的是一种方法，技术措施和技术特征是指的工艺、工艺参数及工艺中有关细节。此外，还应提供所申请项目的至少-个具体实例(这里的具体实例不是指模型或实物，而是表现具体实例的附图和文字说明，只有在通过图纸和文字仍无法说明所申请项目的技术措施时才可能提供模型或实物，用以说明所申请的主题)。
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