企业一般应在重组业务完成年度内提出企业所得税适用特殊性税务处理备案申请，截止日期为次年3月底。吸收合并为合并后拟存续企业、新设合并为合并前资产较大的企业，作为重组主导方提出备案申请。若重组主导方在外省(市)，非主导方在本市，且主导方所属主管税务机关不提供给该省(市)外企业特殊性税务处理备案结果通知书的，可由本市企业自行向主管税务机关申请备案。重组主导方收到主管税务机关发送的《企业重组业务——企业合并企业所得税特殊性税务处理预备案通知书》后，通知被合并企业办理税务、工商注销登记。重组主导方在被合并企业办理完税务、工商注销登记后三十个工作日内再向其主管税务机关报送被合并企业注销登记情况相关资料。
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企业所得税申报要准备的材料主要有年度企业所得税纳税申报表、财务会计报告和其他有关资料。企业在向税务机关报送年度企业所得税申报表前，需要先报送预缴企业所得税纳税申报表并预缴税款，之后正式清缴结算税款的时候，多退少补。
1、外商投资企业的总机构设在我国境内，其在我国境内、境外设立的分支机构、场所在境外投资所发生的盈亏，应由企业的总机构汇总申报、计算、缴纳所得税； 2、外国企业在我国境内设有两个及两个以上营业机构的，应选定一个对其他各企业机构负有监督管理责任，并设有完整的账册、凭证，能够正确反映各营业机构的收入、成本、费用和盈亏情况的营业机构，负责合并申报纳税。
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