员工不能以怀孕为由，长期不上班，如果超过一定的期限，可以按照公司相关规定按照自动离职处理。根据我国劳动合同法的规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得解除劳动合同。除非劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；（二）严重违反用人单位的规章制度的；（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；（五）以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，致使劳动合同无效的；（六）被依法追究刑事责任的。
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职工怀孕不可以辞退。法律规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得解除劳动合同，如果解除的，属于违法解除，需要支付双倍的经济补偿金，也就是没工作满一年，支付两个月的工资。
孕期被违法辞退的，按《劳动合同法》第八十七条规定，用人单位应当按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。经济补偿是指按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。 同时还应支付生育保险损失，包括产假工资或生育津贴等三期损失。 上述月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。 更多问题可联系本律师。
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