根据法律规定，用人单位可以指定劳动规章制度，对违纪行为（如：迟到、早退）扣除一定的工资（俗称罚款），维持正常的劳动秩序。 本问题中，若果用人单位的制度未经过合法程序（如工会、职代会）通过、公示，对员工没有约束力。 扣除工资数额多少可能存在一定的合理性问题，但是，将心比心，换位思考，对迟到员工不处罚可能企业也经营不下去，长远看也损害员工的利益。 另外，员工如果严重违纪属实，用人单位可能会选择解除劳动合同。 综上，建议您平心静气思考，尽量与用人单位和谐解决问题。
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迟到扣工资违法，普通用人单位不具备罚款权，但可以扣除相应时间未提供劳动部分的工资。同时，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，对用人单位赔偿可以通过扣除工资，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
单位扣工资的违法行为：请假扣3倍工资；孕期女职工产检扣工资；用人单位为捐赠强扣工资；员工辞职，单位扣工资；其他行为。用人单位不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
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