(一)诉讼主体方面。目前，国有土地使用权出让合同都是由政府职能部门房地局与土地使用人之间签订，因此当合同双方产生纠纷起诉法院时，往往将房地局作为合同纠纷的当事人而列为案件的当事人。但笔者认为房地局并不是民事诉讼案件的正当当事人，将房地局作为当事人并判决由其承担权利和义务都是没有法律依据的。 (二)合同当事人自愿、平等、对价原则难以得到有效体现。我国合同法规定，合同履行中当因不可抗力致使不能实现合同目的或一方明确表示不履行合同主要债务等原因时，当事人可以解除合同，并有权要求赔偿损失。但在土地出让合同中，除了合同字面上的权利义务外，还隐含着特殊的权利义务，行政机关享有一定的特权。如行政机关在合同履行中可以行使监督检查权、单方变更或解除合同权，还可以对合同相对方行使行政强制或制裁权，在以公益为由解除合同时不承担违约责任等，而合同的相对方却不享有此种权利。因此合同双方当事人的享有的权利义务是不相等的。 (三)第三人合法利益得不到有效保护。按照《上海市土地使用权出让办法》规定，用于商业、旅游、服务业、商品房等项目的土地使用权出让，应当通过招标、拍卖方式进行(经市人民政府批准以协议方式出让土地使用权的特殊情形除外)。同时，国有土地使用权出让合同的订立、变更、解除或终止，《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》以及《上海市土地使用权出让办法》都作了相应的规定，既有实体方面的内容又有程序方面的要求。由此可见，对某地块使用权的出让，参与竞标者可能会不止一个，但中标者只能是一个，而且在整个招标、开标等过程中，始终是由政府部门在操作。 (四)适用法律方面的难点。在处理一般的民事合同纠纷，一般都引用民法通则或合同法裁判。但由于国有土地使用权出让合同中涉及的内容除少部分可受民法调整外，大部分都是由行政法规来调整的，因此，对有些出让人依据行政权作出的行为，在民事诉讼中很难采用民法通则或合同法来加以调整，而只能引用行政法规等。
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