应发工资，包括应缴纳的社保等。计算经济补偿金需要弄清晰发生劳动争议之日倒推十二个月的总收入计算出月平均工资，对于每个月的工资发放，应按应发工资计算，不考虑个人所得税或其他扣除。 劳动关系的解除有多种方式，双方协商解除是其中之一。但用人单位提出并与员工协商解除劳动关系的，应根据员工在本单位的工作年限支付经济补偿。《违反和解除劳动合同的经济补偿办法》（劳部发[1994]481号）第五条经劳动合同当事人协商一致，由用人单位解除劳动合同的，用人单位应根据劳动者在本单位工作年限，每满一年发给相当于一个月工资的经济补偿金，最多不超过十二个月。工作时间不满一年的按一年的标准发给经济补偿。《上海市劳动合同条例》第四十二条有下列情形之一的，用人单位应当根据劳动者在本单位工作年限，每满一年给予劳动者本人一个月工资收入的经济补偿：(一)用人单位依据本条例第二十九条(参见)规定提出与劳动者解除劳动合同的。第二十九条经劳动合同当事人协商一致，劳动合同可以解除。本条例第四十二条(参见)中的本单位工作年限，满六个月不满一年的，按一年计算。以上条文说明单位提出与员工协商解除劳动关系，应根据员工在单位的工作年限支付经济补偿，每满一年支付一个月工资，不满一年满六个月的按一年计算。
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经济补偿是按应发工资计算。根据规定：经济补偿的月工资按照劳动者应得工资计算，包括计时工资或者计件工资以及奖金、津贴和补贴等货币性收入。劳动者在劳动合同解除或者终止前12个月的平均工资低于当地最低工资标准的，按照当地最低工资标准计算。
经济补偿金按照应发工资计算。计算经济补偿金需要根据发生劳动争议之日倒推十二个月的总收入计算出月平均工资，对于每个月的工资发放，应按应发工资计算，不考虑个人所得税或其他扣除。
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