1.补偿原则：根据合作医疗基金筹集情况，按照以收定支、量入为出的原则，合理确定补偿比例 2.补偿方法：参加新型农村合作医疗者，在一体化管理的紧密管理型卫生所、院合一型社区卫生服务站和镇（街）卫生院（医院）就诊的，门诊医药费按规定比例直接减免或当场报销；在镇（街）卫生院（医院）以上医疗机构住院的，实行先交费后报销的办法 3.补偿标准（1）.门诊医药费报销比例为：参加新型农村合作医疗者在一体化管理的紧密管理型卫生所、院所合一型社区卫生服务站就诊的，门诊医药费报销10%；在镇（街）卫生院（医院）就诊的，门诊医药费报销20%（2）.住院医药费报销比例如下 住院医疗费范围报销比例 =10000 50% 住院医药费最高支付额为8000 如果在镇（街）卫生院（医院）住院的医药费报销比例在以上基础上各增加5%。在非定点医疗机构的医疗费用，按照20%比例报销。且不超过4000.
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1、村卫生室及村中心卫生室就诊报销60%，每次就诊处方药费限额10元，卫生院医生临时补液处方药费限额50元。 2、镇卫生院就诊报销40%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额100元。 3、二级医院就诊报销30%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。 4、三级医院就诊报销20%，每次就诊各项检查费及手术费限额50元，处方药费限额200元。 5、中药发票附上处方每贴限额1元。 6、镇级合作医疗门诊补偿年限额5000元。
合作医疗报销比例是不固定的。不同地区，不同级别的医院医疗所报销比例都是不同的，但一般都是在百分之60到百分之20之间，三级医院一般会是在百分之40左右，二级医院的占比差就很大最高会是百之60最低在百分之 40，一级医院医疗比例就是属于固定的是百分之 60，而诊所一般会是百分之20左右。
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