员工不能以怀孕为由，长期不上班，如果超过一定的期限，可以按照公司相关规定按照自动离职处理。根据我国劳动合同法的规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得解除劳动合同。除非劳动者有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同：（一）在试用期间被证明不符合录用条件的；（二）严重违反用人单位的规章制度的；（三）严重失职，营私舞弊，给用人单位造成重大损害的；（四）劳动者同时与其他用人单位建立劳动关系，对完成本单位的工作任务造成严重影响，或者经用人单位提出，拒不改正的；（五）以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，致使劳动合同无效的；（六）被依法追究刑事责任的。
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员工可以要求继续履行合同，并且支付工资损失到合同再继续履行时。若在案件处理过程中劳动合同到期，则仲裁或法院会撤消用人单位的解除劳动合同决定，认定双方劳动合同终止，并会要求用人单位支付到劳动合同终止之日的工资和经济补偿金(该补偿金应为每工作一年支付一个月的经济补偿金，08以前工作的年限不计算，从08年开始计算)。如果用人单位违反规定做出非法辞退，孕期职工有权申请以下赔偿：. 1、违法解除劳动关系赔偿金，相当于2倍的经济补偿金。 2、怀孕、产期、哺乳期“三期”工资。 3、工资和加班工资 (如有拖欠)应一并发放。
在怀孕期间劳动合同到期的，用人单位一般不能辞退员工，而是需要将劳动合同续延至相应的情形消失时再终止合同。如果单位违法终止合同的，则要依法向劳动者支付赔偿金。
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