公司协商解除劳动合同，工伤员工的赔偿，如果与工伤员工协商一致的，除了支付工伤待遇外，应按员工工龄，一年支付一个月工资的经济补偿金，如果无法协商一致的，用人单位单方解除合同的，应支付违法解除劳动合同的二倍经济补偿金的赔偿金，同时也要支付工伤待遇的。相关依据如下；一、《劳动合同法》第三十六条用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。第四十六条有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；（二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；（四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的；（六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的。
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用人单位与员工解除劳动关系的，要区分以下情况处理。 1、劳动合同到期终止合同的，向劳动者支付经济补偿金，每工作一年，支付一个月工资的补偿。 2、劳动合同期间，因劳动者有重大过错(包括：严重违反规章制度、违法犯罪等劳动合同法规定的情形)而解除劳动合同的，不需要支付经济补偿。 3、劳动合同期间，用人单位违反劳动法与劳动者解除合同的，要双倍支付经济补偿金，即每工作一年，支付两个月工资的赔偿。
用人单位不得解除在本单位患职业病或者因工负伤并被确认丧失或者部分丧失劳动能力的劳动者。如果用人单位违法解除劳动合同，应当按经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。劳动者主动提出离职，没有经济补偿金。
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