房屋权属证明应该包含房产证和土地证，这两个证所记载的内容应该完全一致，在你的描述中，房产证上是你父亲，土地证上是你父亲和你父亲的小妹，两个中证出现了不一致，建议你马上提起行政诉讼，要求颁发土地证的部门说明情况，看你父亲的小妹取得土地证的共有权人是否合法，如果你父亲的小妹已经提起了诉讼，建议你以提起行政诉讼为由中止该诉讼，先审查情况你父亲的小妹是否是合法共有权人，才能审查能否分割房屋。
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土地证是由地方人民政府颁发的，证明持证人对一定面积的土地享有所有权或使用权的书面文件,是持证人享有土地所有权或使用权的法律凭证。五十年初期，我国完成土地改革后，人民政府曾在农村给分得土地的农民颁发过土地所有权证；在城市郊区给分到国有土地的农民颁发过土地使用证。后经农业社会主义改造，农民的私有土地变为集体的公有土地，城市郊区农民使用的国有土地也由集体统一使用。土地证失去意义和作用。为加强土地管理，维护土地所有者和使用者的合法权益，1986年颁布，1987年1月1日起施行的《中华人民共和国土地管理法》规定，集体所有的土地和全民所有制单位及个人依法使用的国有土地，由县级人民政府登记造册，核发证书，确认所有权和使用权。现土地证主要有三种，即国有土地使用证、集体土地所有权证和集体土地建设用地使用证。凡变更土地属权或变更土地用途的，均经按照法定程序办理土地权属变更登记手续，更换证书。
这个问题涉及土地使用权限的问题。没有合乎规定属性的土地是不能进行非属性合同的。土地证属于这块土地使用权的意思，默认为非建设用地，而上面起了房屋已经改变了土地的基本属性了，属于违章建筑，地产部门以及国土部门知道厚会被整改恢复土地的原有使用属性的。涉及后面的合同法律上根本是不承认的。建议拿着现在的土地证到国土资源局或者城建局签个民建土地使用批示，在你的土地证上盖上这两个部门任意一个部门的印章，然后回来签订合同符合正常程序。否则属于违章建筑，运气不好就被整改或者变故了得不到任何补偿，搞不好还有违章罚金。
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