关于新农合的报销制度，全国没有统一的规定，各地根据自己的实际情况有不同的规定。以北京市海淀区为例看一下相关规定。 (一)普通参合人员医疗费用报销政策。年度内多次住院，首次住院医疗费用超出起付线者，再次住院发生费用累计计算，按规定进行补偿。因病住院经批准转院连续住院治疗的，其住院的医药费用累计计算，按规定进行报销，每月结报一次。恶性肿瘤进行放、化疗、肾透析，肝、肾移植(或肝肾联合移植)术后服用抗排异药及儿童再生障碍性贫血和血友病所发生的特殊病种门诊费用，每月结报一次。年度内多次门诊，门诊累积医疗费用超出起付线者，按规定进行报销，具体报销时限由各乡镇自行制定。镇(乡)新型农村合作医疗经办机构每月的1日至20日内向海淀区新型农村合作医疗管理中心申请复审结算。对于当年12月份发生的医疗费用单据应最迟在次年1月20日前向海淀区新型农村合作医疗管理中心进行申请复审结算。跨年度连续住院的费用，当年12月31日以前含(31日)发生的住院医疗费用和自下一年起发生的住院医疗费用分别进行结算。根据各年度实际缴费情况予以补偿。对于跨年度结算的一次住院费用只计算一次起起付线。 (二)两类特殊人群住院医疗费用补偿政策和流程。 (1)参合农民参加其他商业医疗保险，如先由商业医疗保险按照其标准支付补偿款的，参合患者须向镇(乡)合管办提供商业保险分割单和住院医疗费用全部票据复印件进行报销。若先由新型农村合作医疗报销的，由新农合出具费用分割单，再到商业医疗保险公司报销。新型农村合作医疗补偿款和商业医疗保险补偿款总额不应超过所发生住院医疗总费用。 (2)参加新农合的优抚对象，首先由民政局按照有关政策进行报销，参合患者须向镇(乡)合管办提供民政局出具的优抚对象新型农村合作医疗报销介绍信，新型农村合作医疗对优抚对象经民政局报销后的剩余金额部门按照新农合标准进行报销。
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农村合作医疗是我国农民自己创造的医疗保障制度，可极大缓解农民因病致贫、因病返贫中发挥着极大的作用。那么农村合作医疗可以补交吗?不可以补交，农村合作医疗在每年的11月份到12月份缴纳，到次年的1月1日生效，即便在次年补交也不能生效，所以农村合作医疗不能进行补交。
（1）新农合分普通门诊报销、大病住院报销、大病救助报销与慢性病门诊报销四种。大病住院报销比例分定点医疗机构级别，级别越高，报销比例越低。一般分乡级、县级、市、省级及省外四个级别，一般乡级起付线100—200元，报销比例80—90%，县级起付线300—700元，报销比例70—80%，市级起付线500—2000元，报销比例60—70%，省级及省外起付线800—3000元，报销比例50—60%，封顶线15万左右，医疗总费用有的地区规定超过6万或8万的，报销比例相应提高。大病救助报销模式是根据一些诊疗路径明确，手术模式统一，医疗费用高，发病率高，对家庭负担大的病种列为大病救助报销模式，大病救助报销模式对医院治疗有限价要求，不般不受起付线、报销比例及封顶线限制，直接按医疗总费用的百分率报销，如14岁以下儿童患先天性心脏病、白血病，直接医疗总费用的90%报销，其中民政部门负担其中的20%。 慢性病门诊报销是指够慢性病申报条件，经过审批后，发放慢性病证，可在乡、县、市、省等医疗机构拿药或做病种范围之内的检查进行门诊报销，所花新农合基金为大病住院报销基金，年度有最高限额。 （2）新农合大病报销流程直接在医院结算，参加新农合的居民去定点医院就诊时，可以直接使用新农合证或医保卡直接挂号。出院时可到医院的新农合结算窗口结算医疗费用，这时符合报销条件的医疗费用可直接按比例报销。新农合出院即时结算的前提条件是定点医院完成联网，支持直接结算。出院后去经办机构报销。如果就诊医院不支持出院即时结算，那么参保人需先行垫付医疗费用，等治疗结束后携带住院时的诊断书、新农合证/医保卡、医疗费用原始凭证、医疗项目明细等资料，前往当地新农合结算科申请医疗费用报销，经工作人员审核后即可拿到报销款。
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