差额拨款事业单位按差额比例，财政承担部分，由财政列入预算;单位承担部分，由单位在税前列支，如医院等。 差额拨款单位的人员费用由国家财政拨款，其他费用自筹。这些单位的人员工资构成中固定部分为60%，非固定部分为40%。按照国家有关规定，差额拨款单位要根据经费自主程度，实行工资总额包干或其他符合自身特点的管理办法，促使其逐步减少国家财政拨款，向经费自收自支过渡。乡镇医院的差额拨款一般落不到实处，医院自身没有多少收入，不利于人民的身体检查和疾病治疗以及基层医院内部人员的稳定。希望政府部门能出台相关措施来解决此类问题。 全额拨款事业单位也称为全供事业单位，也就是全额预算管理的事业单位，是其所需的事业经费全部由国家预算拨款的一种管理形式。 这种管理形式，一般适用于没有收入或收入不稳定的事业单位;如学校、科研单位、卫生防疫、工商管理等事业单位，即人员费用、公用费用都要由国家财政提供。采用这种管理形式，有利于国家对事业单位的收入进行全面的管理和监督，同时使事业单位的经费得到充分的保证。
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全额拨款事业单位没有车补。目前公车改革只针对占用公务员编制和参公编制的人员，其余人员一律没有。所以事业编制人员暂时还没有车改补贴。因为事业单位行业类别众多，单位类型复杂，经费来源多样，人员身份不一，车辆规模庞大，事业单位分类改革和工资制度改革也尚在推进中。
不同的单位待遇不同，不能一概而论那种单位更好。差额和全额事业单位的工资计算公式是不一样的，一般上，差额单位略高于全额单位。全额单位的工资由财政保障，差额单位是财政只拨付一部分，其他部分由所在单位自己通过其他渠道解决。至于退休后的待遇在实行养老金并轨之后，就基本相差不大了。差额拨款事业单位按差额比例，财政承担部分，由财政列入预算。
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