妨害公务罪与
危害国家安全罪二者具有某些共同点，比如都是危害了国家利益，都必然会对国家的正常管理活动造成干扰和破坏;在行为方式、行为指向上有一些交叉;主体都是一般主体;主观方面都是出自故意。二者的区别点在于：
1、犯罪的直接客体不同。前者侵害的主要客体是国家的正常管理活动;后者则是国家安全。
2、犯罪的客观方面不同。首先在行为指向上，前者的行为指向往往具有特定性，即是某个具体的正在依法执行公务的
国家机关工作人员或红十字会工作人员;后者的行为指向则是整个国家政权，就具体的侵害对象而言，通常具有随机性和不确定性。
3、从犯罪主体来看，二者虽都可由任何具备
刑事责任能力的自然人构成，但在实践中，后者的主体特别是其中的首要分子多是那些窃据国家重要职位，具有较大政治影响力的人;而前者的主体多见为普通公民。
4、犯罪的主观方面不同。这是二者最本质、最关键的区别。前者在主观方面既可以表现为直接故意也可以表现间接故意，行为人通常有妨害公务执行的目的，但不限于此;后者则只能出自直接故意，且行为人必须具有危害国家安全的目的。在实践中，会遇有危害国家安全的犯罪分子以暴力、威胁方法妨害、抗拒国家机关工作人员或红十字会工作人员依法执行公务的情形，这是妨害公务罪与
分裂国家罪、武装叛乱、暴乱罪、
颠覆国家政权等罪的法规竞合犯，对之应按法规竞合犯的基本法律适用规则，重法优于轻法，以后者论处。
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