1、两者的标的不同。
雇佣关系的标的注重雇工无形的劳务给付，以供给劳务本身为目的，偏重于劳动者出卖劳动力的行为。而运输合同关系的标的物是货物或是旅客，其表现为物化的劳动成果，重在有形工作量的完成，以提供通过劳动产生的工作成果为目的。
2、两者取得报酬的方式不同。在雇佣关系中，雇员的报酬体现为工资，由于雇主与雇员之间的关系较为稳定、长期，具有一定的持续性，因此雇员取得报酬的方式也比较固定，呈周期性，通常按劳动时间来计算报酬，一般是按星期或月来结算。而运输合同中，承运人获取的报酬是运费，纯粹是按物化的劳动成果来计算报酬，通常按趟次、运量来结算，且多为一次性付清。
3、两者主体之间的关系不同。在雇佣活动中，雇主有权对雇员的劳务活动进行监督，受雇人要受雇主指示的约束，双方之间存在着一种监督与被监督、管理与被管理的隶属关系，地位不平等的色彩较为强烈。但在运输合同中，托运人无权对承运人的运送行为进行监督，托运人追求的结果是货物能够按期安全抵达，承运人只需按时运送、按地点运送以及安全运送至目的地即完成合同义务，至于承运人采取何种运送方式，以及运送路线等，除托运人有特殊要求外，承运人有权自主选择。
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