（一）违章（法）建筑认定主体法律缺位，现实中乱了套；

（二）是否违建到底由哪个政府部门进行认定，法律法规并未明确；

（三）在实践中不同地区认定的主体五花八门，有国土、建设、城管、公安、乡镇政府，甚至财政局、拆迁部门对当地房屋认定为违章建筑进行处罚。在一些地区还出现过多头认定的问题。

违建房屋应该由哪个部门执行强拆

违建房屋应该由土地行政主管部门、城乡规划主管部或建设行政主管部门执行强拆。违章建筑不合乎法律规定，城乡规划主管部门作出责令停止建设或者限期拆除的决定后，当事人不停止建设或者逾期不拆除的，建设工程所在地县级以上地方人民政府可以责成有关部门采取查封施工现场、强制拆除等措施。