首先，我们来看二者的定义。

征收补偿协议是指房屋征收部门与被征收人依照规定，就补偿方案、补偿金额和支付期限、用于产权调换房屋的地点和面积、搬迁费、临时安置费或者周转用房、停产停业损失、搬迁期限、过渡方式和过渡期限等事项在双方意思表示一致的基础上订立的补偿协议。补偿协议订立后，一方当事人不履行补偿协议约定的义务的，另一方当事人可以依法提起诉讼。

征收补偿方案是由房屋征收部门拟定，报市、县级人民政府后，市、县级人民政府组织有关部门对征收补偿方案进行论证并予以公布，征求公众意见，征求意见期限不得少于30日。同时市、县级人民政府应当将征求意见情况和根据公众意见修改的情况及时公布。

大部分情况下，征收补偿协议是以征收补偿方案中的具体安排计划为基础的。因此，两者的联系在于，先是由房屋征收部门制定征收补偿方案，然后房屋征收部门再据此与被征收人就具体的补偿事宜订立补偿协议。简单来说，前者是向公众公布的补偿方案，究其根本只是一个补偿标准；而后者则是和每个拆迁户具体来谈的补偿协议，是对单个拆迁户进行补偿的依据。

那么，二者究竟有怎样的区别呢？

第一，制定程序不同。征收补偿方案是房屋征收部门拟定，经市、县级人民政府批准并公布的同时还要征求公众意见；而征收补偿协议则是由房屋征收部门与每个被征收人通过协商分别订立的。

第二，法律性质不同。征收补偿方案在性质上属于市县级人民政府及其房屋征收部门单方面制定的计划安排，对公众来说只是一个大概的补偿标准；而征收补偿协议则是房屋征收部门与被征收人在意思表示一致的基础上订立的双方协议，在性质上属于行政合同。

第三，法律效力不同。征收补偿方案公布后，实际上是对即将作出的征收决定内容的预先公告，应当适用行政法的有关规定，并具有相应的法律效力；而征收补偿协议则是一种行政合同，其虽属于具体行政行为，但也具有某些合同属性，具备部分的合同效力。