检察院不起诉决定书是否会有案底要视具体情况而定，具体如下：

1、如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底；

2、如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而且因犯罪情节轻微或具有法律规定被不起诉的，仍会有本应的案底记载。

不起诉决定书，是指检察院对公安机关或检察院侦查部门侦查终结的刑事案件经审查后，认为根据《中华人民共和国刑事诉讼法》相关规定，不应追究犯罪嫌疑人的刑事责任、不需要判处刑罚或免除刑罚的或者经退回补充侦查仍证据不足的，作出不将犯罪嫌疑人移送人民法院进行审判的决定时所制作的法律文书。

交通肇事罪检察院不起诉有案底吗

不会，既然检察院对肇事者都作出了不起诉的决定，说明肇事方犯罪情节轻微，社会危害性较小，没有达到立案标准。但肇事者对受害方造成的身体上的损害，仍应依法承担赔偿责任，包括因交通肇事给受害方身体造成的伤害带来的精神损害抚慰金。因此，肇事者仍要给付。

《中华人民共和国刑事诉讼法》第一百七十七条犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。

对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。

人民检察院决定不起诉的案件，应当同时对侦查中查封、扣押、冻结的财物解除查封、扣押、冻结。对被不起诉人需要给予行政处罚、处分或者需要没收其违法所得的，人民检察院应当提出检察意见，移送有关主管机关处理。有关主管机关应当将处理结果及时通知人民检察院。