首先，由医患双方自行协商达成协议，没有特定的第三人参加。这种协商简单明了，但容易造成矛盾激化，特别在双方法律知识欠缺，协议书漏洞较多的情况下，往往达成协议后双方再起争端。

其次，卫生行政部门主持达成调解协议。这种办法由当事人一方或者双方向卫生行政机关提出申请，在行政机关的主持下，双方达成协议。从目前情况看，这种办法能及时平息事态，稳定双方的情绪。

再者，当争议进入诉讼程序后，可由人民法院主持双方调解达成协议。该协议一经送达立即生效，具有强制执行力，并不得上诉。它的好处是法律效力高，规范性强。但医患双方要经历较长的时间。

除上述三种法律规定的协商解决争议方式外，还有两种新型方式可以尝试，即人民调解委员会的调解和律师参与或见证下的调解：

1、人民调解委员会的调解是指双方当事人共同向调解委员会申请调解，由后者主持调解达成协议。这种调解程序规范，达成的协议如果没有法定撤销事由，就成为合法协议，并且不收取任何费用。但目前，调解委员会对调解医疗纠纷争议肯定缺乏经验，需大胆实践。

《人民调解委员会组织条例》规定，人民调解委员会是调解民间纠纷的群众性组织，它不但可以根据当事人的申请调解，也可以主动介入调解。按照最高人民法院的司法解释，人民调解委员会达成的协议具有合同的性质，双方当事人不得随意变更和解除，而且只要协议符合合同的订立原则，协议就是有效的，人民法院将予以确认。

2、律师参与或见证的医疗纠纷协议。这种办法是指在一方或者双方的律师参与的情况下，双方协商达成协议。其好处是能够制作较为规范的协议书，欠缺的是律师见证行为，不能使协议书具有很强的效力。

一、医疗纠纷如何举证

1）患者（原告）应当承担初步举证责任。患者（原告）应当首先证明其与医疗机构间存在医疗服务合同关系，接受过被告医疗机构的诊断、治疗，并因此受到损害。如果患者（原告）不能对上述问题提供证据予以证明，其请求权是不能得到人民法院支持的。上述问题，患者（原告）用门诊或者住院病历、检查诊疗报告单、诊断结论或者诊断证明等就足可以证明。故发生医疗纠纷后，患者在第一时间及时向医方要求复印病历、保存第一手资料尤为重要。

2）医疗机构（被告）应当证明其医疗行为与损害结果之间不存在因果关系，并证明其医疗行为不存在过错。这种证明不能是只有言语的抗辩，必须拿出确凿的证据证明。

3）如果医疗机构（被告）拿不出具有合理说服力、足以使人信赖并符合法定要求的证据，证明不了其医疗行为与损害结果之间不存在因果关系，及不存在医疗过错，人民法院就会依照法律的规定推定医疗机构（被告）的医疗行为存在过错，并推定其医疗行为与损害结果之间存在因果关系，医疗机构（被告）就要承担败诉的结果。所以，一般情况下，通过申请医疗事故技术鉴定来获得证明，便是对医疗机构较为有利的选择；而作为患者（原告）一方的代理律师，一般都不会主动申请进行医疗事故技术鉴定。

法律依据：

《医疗事故处理条例》

第十三条

医务人员在医疗活动中发生或者发现医疗事故、可能引起医疗事故的医疗过失行为或者发生医疗事故争议的，应当立即向所在科室负责人报告，科室负责人应当及时向本医疗机构负责医疗服务质量监控的部门或者专（兼）职人员报告；负责医疗服务质量监控的部门或者专（兼）职人员接到报告后，应当立即进行调查、核实，将有关情况如实向本医疗机构的负责人报告，并向患者通报、解释。