新生儿住院医保报销流程是：

1．申报人准备好新生儿的住院发票、费用明细单、住院病历等相关材料；

2．参保后新生儿住院的，凭无卡证明办理住院手续；

3．在出院结算时，提交上述材料，使用医保结算系统结算，只支付个人自负部分。

新生儿住院医保报销比例

新生儿住院医保报销比例如下：

1、普通门诊费用，以年为结算单位，对于300元以下部分的门诊看病费用，基金支付比例为百分之40，也就是最高每年120元，一次性结算完成，300元以上的部分费用，需个人自付；

2、大病门诊费用，像血友病、再生障碍性贫血、系统性红斑狼疮等病种，基金没有起付限，医疗保险基金支付比例为百分之75；三是住院费用，根据医疗机构等级设定不同的住院起付标准和基金支付比例，以三级医院为例，标准500元以上的话，基金支付比例为百分之80：

（1）三级医院起付标准为650元，报销比例为百分之50，上限为2000元；

（2）二级医院起付标准为300元，报销比例为百分之60；

（3）一级医院不设起付标准，报销比例为百分之65。

新生儿医保的待遇：

1、门急诊报销待遇。一年度内，城乡居民在一级医院就医发生的门急诊医疗费用，起付线为800元的，最高支付限额为3000元，补助为百分之30；

2、住院医疗保险待遇。在一个年度内发生的18万以下的住院医疗费用，根据不同级别的医院，其报销会有所不同：

（1）一级医院不设起付线，可报销住院医疗费用百分之65；

（2）二级医院起付线为300元，可报销住院医疗费用为百分之60；

（3）三级医院起付线为500元，可报销住院医疗费用百分之55。

3、门诊特殊病报销待遇。门诊特殊疾病，在一个年度内的起付线标准为300元，最高支付限额和报销比例是按照住院报销的标准来执行的；

4、学生意外伤害保险待遇。在城乡居民基本医保的基础上，建议配置统一的学生儿童意外伤害保险，解决学生儿童因意外伤害所造成的医疗费用补偿、残疾以及死亡补助等问题。

法律依据：《中华人民共和国社会保险法》第二十六条

职工基本医疗保险、新型农村合作医疗和城镇居民基本医疗保险的待遇标准按照国家规定执行。

第二十八条

符合基本医疗保险药品目录、诊疗项目、医疗服务设施标准以及急诊、抢救的医疗费用，按照国家规定从基本医疗保险基金中支付。

第二十九条

参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。

社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。

《中华人民共和国社会保险法》第二十九条，参保人员医疗费用中应当由基本医疗保险基金支付的部分，由社会保险经办机构与医疗机构、药品经营单位直接结算。社会保险行政部门和卫生行政部门应当建立异地就医医疗费用结算制度，方便参保人员享受基本医疗保险待遇。